O Hospital Universitário da USP foi idealizado a partir da proposta da criação de um novo curso de medicina, em uma reunião da Congregação da Faculdade de Medicina da USP em 1966.
O Objetivo era criar um curso com novas estratégias de ensino que unissem o curso teórico e prático e que organizasse as diferentes áreas médicas, dando início a criação do hospital de ensino.
Após muitas reuniões, em 1969 decidiu-se criar um Hospital Universitário preocupado com o ensino da área médica e também com o ensino de outras áreas da saúde, como enfermagem, odontologia, farmácia, psicologia e saúde pública.
A obra foi concluída em 1978 e no dia 06 de agosto de 1981 foi inaugurado, tendo como marco inicial o atendimento em pediatria, e, em dezembro do mesmo ano, iniciou-se o atendimento em ginecologia e obstetrícia, com o primeiro parto em 31 de dezembro de 1981. A Clínica Médica surgiu no primeiro semestre de 1985 e a Clinica Cirúrgica no segundo semestre do mesmo ano.
A Divisão de Laboratório Clínico foi estruturada pela Faculdade de Ciências Farmacêuticas e iniciou suas atividades junto com a inauguração do Hospital, em 1981. Em 2006 foi certificado em conformidade com a NBR ISO 9001 e, em 2009, recebeu o certificado de conformidade com os requisitos da qualidade, do Programa de Acreditação de Laboratórios Clínicos PALC, promovido pela Sociedade Brasileira de Patologia Clínica e Medicina Laboratorial.
O Hospital Universitário, além da sua importante função assistencial, tem como função primordial o ensino, envolvendo as unidades de ensino da área de saúde da Universidade de São de Paulo (Medicina, Enfermagem, Odontologia, Nutrição, Psicologia, Fisioterapia, Terapia Ocupacional, Fonoaudiologia e Ciências Farmacêuticas). Todos os alunos realizam suas disciplinas de práticas clínicas e cirúrgicas dentro do HU. Em média, anualmente recebemos cerca de 2500 alunos e produzimos cerca de 400 pesquisas.
Dessa forma, o Hospital Universitário tem a missão de assistência, ensino e pesquisa dentro da USP.